​Gdy 5 lipca 1919 r. kard. Aleksander Kakowski ustanawiał z części parafii św. Trójcy nową - pw. Matki Bożej Częstochowskiej Królowej Korony Polskiej i bł. Władysława z Gielniowa, nie mógł spodziewać się, jak okrutny los spotka wkrótce nie tylko sam kościół, ale przede wszystkim wiernych. W czasie walk powstańczych w roku 1944 kościół znalazł się na pierwszej linii frontu. Dzielnie bronili się w niej powstańcy, odpierając niemieckie ataki z zabudowań stadionu Legii. 11 września 1944 r. kościół, w którego podziemiach przebywali ranni powstańcy i ludność cywilna, trafiony został dziewięcioma bombami niemieckimi. Nad rumowiskiem pozostała jedynie kolumnada z majestatycznym tympanonem i niewielkie fragmenty murów trzynawowej świątyni, dumy Powiśla.